Actualmente los dos sistemas más implantados en el control de presencia de trabajadores son el sistema de tarjetas y el control mediante huella dactilar.

Ambos sistemas están ampliamente extendidos, sin embargo el sistema de huella digital cada día gana mayor terreno a la hora de fichar los empleados de una empresa.

El control de los turnos de trabajo mediante tarjetas requiere una menor inversión inicial. Sin embargo los costes a medio plazo para la empresa son inferiores para los sistemas biométricos. Las tarjetas se pueden perder y se necesita dedicar recursos para su reposición, en cambio los costos de mantenimiento de un sistema biométrico tienden a ser prácticamente nulos.

La principal ventaja de un sistema de control presencia biométrico es que refleja fielmente la presencia de los trabajadores en el lugar de trabajo: no se olvidan las tarjetas ni se puede dar el fraude de que unos empleados fichen por otros. Las estadísticas que se generan reflejan fielmente la presencia del trabajador.

Sin embargo fichar por tarjetas puede presentar ventajas en algún tipo de empresa. Por ejemplo cuando muchos trabajadores entran al mismo tiempo al trabajo. Así en el caso de que 40 o 60 personas entrarán a determinada hora por el mismo acceso y solo hubiera un control por huella dactilar es probable que unos debieran esperar a que otros se identificaran. En este caso podría ser más práctico emplear tarjetas de proximidad en el control de horarios: habrá que tener en consideración el flujo de personas al coincidir en la entarda y salida de los turnos para elegir la tecnología más adecuada.

Hay que tener en cuenta sin embargo algunas críticas al sistema de huella dactilar.

Un problema sobre el cual se ha llamado la atención es que algunas personas tienen una huella dactilar poco definida y ésta presenta problemas para que sea reconocida.

Estadísticamente este problema puede afectar a un 1% de la población. Sin embargo la solución es sencilla y normalmente pasa por probar diferentes dedos. En caso de que ninguno funcione bien esas pocas personas deberían poder fichar de forma diferente: con tarjeta o código. Es decir el equipo biométrico debería ofrecer la posibilidad de emplear un método alternativo de identificación, algo que, por otra parte, es común hoy en día.